Le but de LSD est d'aider l'utilisateur à proposer une ou plusieurs structures moléculaires à partir de données issues très majoritairement de la RMN 2D. Les spectres qui doivent nécessairement être enregistrés sont les spectres HMQC (ou HSQC), COSY et HMBC. Sans ces trois spectres, il n'est pas envisageable de vouloir utiliser LSD. LSD ne contient aucune base de données de déplacement chimique. Il n'y a par ailleurs aucun moyen de lui indiquer la liste des déplacements chimiques de la molécule étudiée, pour quel type de noyau que ce soit. LSD utilise les informations de déplacement chimique et de couplage que l'utilisateur voudra bien lui indiquer, que ce soit pour définir l'hybridation des atomes ou pour imposer à un atome d'avoir un nombre de voisins donné dans une liste d'atomes déterminée.
Le codage des données de RMN pour en faire un fichier texte traitable par LSD est un exercice un peu déroutant pour le débutant. Les paragraphes suivants essaieront de vous donner une méthode pour y arriver. Il n'est pas inutile de regarder dans le dossier Data les exemples qui s'y trouvent. Un fichier de données pour LSD est constitué de commandes ayant un plusieurs paramètres. Les commandes les plus utiles seront d'abord introduites, sachant qu'une description exhaustive du langage de commande est fournie au paragraphe Structure des fichiers données. L'interface de type texte peut sembler un peu démodée, mais il est parfois plus simple d'éditer un texte que de se perdre dans un dédale de menus et sous-menus dont les fonctions ne sont pas nécessairement explicites.
La première étape à franchir pour déterminer une structure inconnue consiste à faire l'hypothèse d'une formule brute et à déterminer le statut de tous les atomes, hydrogènes exceptés. Le statut est constitué d'un numéro, d'un symbole chimique, d'une hybridation (sp, sp2 ou sp3), d'un nombre d'hydrogènes portés par l'atome et d'une charge. Définir un statut est contraignant pour l'utilisateur. Il n'est pas toujours possible a priori de définir le statut des hétéroatomes, surtout lorsqu'il y en a de natures chimiques différentes. Même pour les carbones, le déplacement chimique ne suffit pas toujours pour déduire de manière non-ambigüe l'hybridation. Il faut alors créer plusieurs jeux de données et les essayer tous. Cette nécessité devrait être levée au moins partiellement dans un proche avenir, mais il faut faire avec pour l'instant.
La numérotation des atomes peut se faire de manière arbitraire. Une manière commode de procéder consiste par exemple à numéroter les carbones à partir de 1 par ordre décroissant de déplacement chimique du 13C, puis de donner les numéros suivants aux autres atomes (azotes, oxygènes, ...). Les numéros des carbones issus du spectre 1D seront reportés sur les projections des spectres 2D HMQC et HMBC. Il est possible d'avoir un autre type d'atome (X) à condition que sa valence soit définie par l'utilisateur.
La commande qui définit le statut s'appelle MULT
(les majuscules sont importantes)
et est suivie du numéro d'atome, de son symbole chimique, de 1, 2 ou 3 pour
l'hybridation (sp, sp2 ou sp3), de la multiplicité,
c'est-à-dire du nombre d'hydrogènes portés et
de la charge (facultative).
Ainsi, MULT 1 C 2 0 indique que l'atome 1 est un carbone
(C) sp2 (2) quaternaire (0).
Il y aura dans le fichier de données autant de lignes
commençant par MULT
que d'atomes dans la molécule, atomes d'hydrogène exceptés.
L'étape suivante consiste à numéroter sur les
spectres les atomes d'hydrogène.
Là encore la numérotation est arbitraire, mais il est
préférable de donner à un hydrogène le même
numéro que celui du carbone auquel il est lié.
Le spectre HMQC (ou HSQC) sert à établir cette correspondance.
Deux hydrogènes inéquivalents d'un groupe méthylène
auront le même numéro.
Les numéros ainsi attribués seront reportés
sur les spectres 2D COSY et HMBC.
Une corrélation dans un spectre 2D est caractérisée
par le type du spectre,
le numéro d'atome dans la dimension 1
(c'est-à-dire du carbone pour HMQC, HSQC et HMBC)
puis du numéro d'atome en dimension 2 (toujours un numéro
d'hydrogène).
Ainsi HMQC 4 4 indique que le carbone 4 et l'hydrogène 4
sont liés ensemble.
Les commandes HMQC et HSQC sont équivalentes.
On code de manière similaire les commandes HMBC et
COSY.
Toute liaison évidente à établir doit
l'être par une commande BOND
dont les deux paramètres sont les numéros
des deux atomes à lier.
Si le carbone 1 est celui d'une cétone et qu'un
oxygène 22 a été déclaré
sp2, il est possible d'établir dès le début
une liaison entre 1 et 22
par la commande BOND 1 22.
En théorie et sauf exceptions, l'ordre des commandes
dans un fichier n'est pas imposé.
Le texte qui suit la commande EXIT est ignoré.
En plus des commandes qui décrivent le problème,
il en existe d'autres
pour le contrôle de l'exécution.
Il est préférable de les regrouper en début de fichier.
Après elles, on trouve les commandes MULT,
HMQC, COSY, HMBC et
BOND.
Cela forme le contenu minimum d'un fichier de données pour LSD.
Une partie moins évidente dans l'écriture de fichiers pour LSD est
la définition de propriétés et des listes associées.
Une propriété d'atome (commande PROP) est l'indication
pour un atome ou une liste d'atomes d'un nombre
(supérieur ou égal à 1)
de voisins qui doivent appartenir à une autre liste d'atomes.
On peut aussi indiquer le nombre 0, qui signifie alors "tous les voisins".
Par exemple, les carbones 8, 9 et 10 ont un déplacement chimique vers 15 ppm
et portent les protons 8, 9 et 10 de trois méthyles singulets aux environs
de 1 ppm.
Les carbones 8, 9 et 10 sont très probablement liés à des carbones quaternaires.
Pour coder cela avec LSD, il faut définir deux listes : celle des atomes
8, 9 et 10 et celle des carbones quaternaires.
Une liste d'atome est caractérisée par
son numéro et par son contenu.
Le contenu est définissable soit de manière
explicite (en donnant les numéros
de tous les atomes de la liste) soit à partir du statut des atomes.
Il est aussi possible de combiner des listes entre elles par les opérations
de la théorie des ensembles.
Pour revenir à l'exemple, LIST L1 8 9 10
définit la liste 1 et y met les numéros 8, 9 et 10.
QUAT L2 définit la liste 2
et y met tous les carbones quaternaires.
Ceci étant fait, la restriction sur les atomes 8, 9 et 10
qui consiste à imposer à tous leurs
voisins d'être quaternaires s'écrit PROP L1 0 L2.
On aurait pu aussi écrire PROP L1 1 L2 sachant qu'un carbone de
groupe méthyle ne possède toujours qu'un seul voisin.
Les commandes de définition de listes et de propriétés
sont traitées dans
l'ordre où elles apparaissent dans le fichier de données.
En changer l'ordre peut en changer la signification.
Un tentation fréquente consiste à
vouloir sur-interpréter les spectres,
c'est-à-dire de leur faire dire ce qu'ils ne disent pas.
Introduire des propriétés fausses ou contradictoires
conduit LSD à ne pas
fournir de solutions et à produire un message qui indique
le niveau de recherche
le plus profond atteint par LSD au cours de sa recherche
(le si détestable message "max stack level: ").
De la même manière, introduire des corrélations
nJ avec n supérieur à 3
dans une commande HMBC ou COSY
conduira à l'échec de LSD, sauf incation contaire
(voir ci aprè).
Il veut mieux dans un premier temps mettre les commandes relatives aux
corrélations
COSY et HMBC de faible intensité en tant que commentaires,
c'est-à-dire en les faisant précéder par un point-virgule.
Si le nombre des solutions produites est trop grand, il faut alors tenter
de le diminuer en rajoutant des correlations ou des propriétés
aux atomes.
Nouveau avec la version 3.1.0 : élimination des
corrélations HMBC invalides.
L'analyse d'une corrélation HMBC peut ne conduire à
aucune solution pour deux raisons :
soit la partie de la molécule qui a été
construite sur la base des corrélations
précédemment examinées est incompatible avec la nouvelle
corrélation (cas 1),
soit celle-ci est erronée (cas 2).
Ceci arrive soit de manière fortuite (artefact dans le spectre HMBC,
ou faute de frappe, par exemple)
soit parce que la corrélation HMBC observée est issue
d'un couplage à travers plus de 3 liaisons.
Dans le cas 1, le mécanisme de résolution remettra en cause
les choix précédents et
devrait conduire à une solution si toutes les données sont correctes.
Dans le cas 2, cette remise en cause sera incapable de fournir une solution.
La corrélation en question peut être éliminée afin de
vérifier si elle est la cause
du blocage.
La commande ELIM permet de spécifier un nombre
maximal de corrélations
qu'il est possible d'éliminer pour obtenir au moins une solution.
La commande ELIM permet aussi de spécifier le nombre maximal
autorisé de liaisons entre les atomes qui interviennent dans toutes
les corrélations
éliminées.
Cette contrainte peut être désactivé pour la
détection des erreurs accidentelles.
Ce bref aperçu sur les fichiers de données de LSD permettra aux utilisateurs de prendre contact avec LSD, mais une lecture de la section Structure des fichiers de données reste indispensable.
Pour traiter les informations contenues dans un fichier de données de LSD en tapant des commandes système, les utilisateurs(trices) de Linux ou de Mac doivent ouvrir une application "Terminal", qui s'appelle "Invite de commandes" sous Windows.
La syntaxe des commandes système n'est pas exactement la même sous Linux/Mac et Windows.
Les deux interpréteurs de commandes indiquent que l'utilisateur peut commencer à taper une commande en affichant une chaîne de caractères nommée "prompt".
Dans les paragraphes ci-dessous,
UNIXprompt$
est le prompt affiché sous Linux/Mac et
DOSprompt$
est le prompt de Windows. Les commandes qui suivent le simple
prompt$
sont valides pour les deux types d'interpréteurs.
Dans les deux cas, il faut utiliser la commande cd pour que l'exécutable
de LSD se trouve dans le dossier courant.
Les utilisateurs de Linux/Mac doivent avoir le dossier courant (nommé .) dans la liste des dossiers dans lesquels le Terminal recherche les exécutables. Cela peut être réalisé temporairement en tapant
UNIXprompt$ export PATH=.:$PATH
Un fichier de données nommé "pinene"
est fourni dans le répertoire "Data" .
Son traitement par LSD est effectué par :
UNIXprompt$ cp Data/pinene .
DOSprompt$ copy Data\pinene.lsd .
UNIXprompt$ lsd pinene
DOSprompt$ lsd pinene.lsd
LSD indique qu'il a trouvé une solution.
Le fichier "pinene.sol" qui a été créé
contient les informations de connectivité
pour la solution au problème.
De manière générale un fichier de données abc
ou abc.xyz fournit un fichier
de solution nommé abc.sol ou abc.xyx.sol.
Un fichier de coordonées 2D peut ensuite être obtenu par:
prompt$ outlsd 6 < pinene.sol > pinene.coo
Le programme outlsd produit des coordonnées 2D à partir des
connectivités.
Le résultat est visualisé par une visionneuse Postscript®.
Le dessin en langage Postscript est d'abord produit par :
prompt$ genpos < pinene.coo > pinene.ps
et affiché par :
prompt$ xpsview pinene.ps
si xpsview est le programme de visualisation Postscript de votre matériel
(ce pourraît être open, gv ou gsview32).
Un double click sur l'icône du fichier pinene.ps montre aussi le résultat.
La commande :
prompt$ solve pinene
enchaîne toutes les étapes : résolution du problème
de structure, création et affichage graphique de la solution.
Il n'est généralement pas souhaitable de procéder
ainsi pour un nouveau jeu de données.
Cela n'est envisageable que si lsd donne un nombre
raisonnable de solutions (voir
Passer des données aux structures).
Les coordonnées produites par outlsd fournissent parfois des dessins
difficiles à interpréter.
Un programme simple nommé m_edit a été
écrit pour améliorer
la qualité des visuelle des structures moléculaires.
Il faut que Tcl/Tk et la commande wish soient installés
pour pouvoir utiliser m_edit (version 8.0 ou plus récente).
La commande
prompt$ m_edit
lance m_edit.
Le menu File permet de lire et de sauvegarder des fichiers et de sortir du programme.
Le menu View est utilisé pour naviguer en avant et
en arrière dans un ensemble
de structures groupées dans un même fichier.
Les formats de fichiers supportés par m_edit sont ".coo"
(le format spécifique de LSD) et ".sdf".
L'usage de m_edit est très simple : les atomes sont
déplacés à l'aide du bouton gauche de la souris.
Il n'y a pas encore possibilité de sélectionner plusieurs atomes,
désolé.
Les molécules sont toutes sélectionnées par défaut, comme indiqué par leur titre écrit en noir. Le menu Select permet de désélectionner (titre en rouge)/sélectionner des molécules. Le statut de la molécule courante peut être changé en cliquant sur le titre. Les molécules sélectionnées peuvent être gardées (et les autres supprimées) en utilisant l'item Keep du menu Select.
Les molécules sont inversées horizontalement ou verticalement
à l'aide du menu Arrange.
Un buffer (menu Buffer) a été ajouté,
de manière à ce qu'une situation antérieure
préalablement sauvée (item Save To) puisse être
rechargée (item Load From).
Un fichier de données contient des commandes et des commentaires.
Le nombre de commandes par fichier est limité par défaut à 300.
Un commentaire est tout ce qui se trouve entre un ";" et la fin de la ligne.
Une commande est constituée d'un mnémonique de commande
généralement suivi de 1 à 5 paramètres.
Les parties d'une commande sont séparées par des blancs.
Les majuscules doivent être respectées.
A partir de la version 3.2.0 incluse, la commande EXIT
peut être omise.
Si elle existe, tout ce qui se trouve au delà est ignoré.
Tous les mnémoniques sont constitués de 4 caractères
alphanumériques.
Certains se terminent par un ou deux blancs (^),
comme CH^^.
Les mnémoniques sont suivis par des paramètres
séparés par des blancs.
Les types possibles pour les paramètres sont décrits
de la manière suivante :
C N N5 O S S4 S6 F Cl Br I P P5 Si B X seulement.A pour la définition des sous-atomes, voir
au paragraphe Informations de sous-structure.
S1.
Les paramètres d'une commande sont désignés
par P1, P2, P3, P4 et P5 suivant leur position
après le mnémonique.
La commande EXIT est la seule qui n'ait pas de paramètre.
MULT I A I I Z : définit le statut des atomes.
C N N5 O S S4 S6 F Cl Br I P P5 Si B X. S est un atome de soufre divalent, S4 est tétravalent et
S6 est hexavalent. N5 et P5 sont des atomes d'azote et de phosphore pentavalents. X sont définies par une commande VALE.
MULT 1 C 2 0.
L'atome 1 un carbone (C) sp2
(2) quaternaire (0).
VALE A I R : définit la valence et la masse des atomes de type X.
VALE est incompatible avec la commande DUPL 2.
BOND I I : liaison.
HMQC (ou HSQC) I I :
corrélation hétéronucléaire à travers 1 liaison.
HSQC 4 4.
Le carbone 4 et l'hydrogène 4 sont liés ensemble.
COSY V I O O : corrélation COSY à
travers trois liaisons.
ELIM.ELIM est présente, la longueur du chemin de couplage
ne pourra pas excéder la valeur de la longueur imposée par la
commande ELIM + 1.COSY 2 9 : l'hydrogène 2 corrèle avec l'hydrogène 9.COSY (4 6) 9 : soit l'hydrogène 4 soit le 6 (ou les deux)
corrèle(nt) avec l'hydrogène 9.COSY 5 9 3 4 : l'hydrogène 5 corrèle avec l'hydrogène 9 à
travers 3 ou 4 liaisons.
Cette corrélation ne sera jamais éliminée, même si une commande
ELIM est présente.
HMBC V I O O : corrélation
hétéronucléaire à travers 2 ou 3 liaisons.
ELIM.ELIM est présente, la longueur du chemin de couplage
ne pourra pas excéder la valeur de la longueur imposée par la
commande ELIM.HMBC 3 8 : l'atome 3 corrèle avec l'hydrogène 8.HMBC (4 5) 8 : soit l'atome 4 soit le 5 (ou les deux)
corrèle avec l'hydrogène 8.HMBC 6 8 2 : l'atome 6 corrèle avec l'hydrogène 8 à travers 2 liaisons.
HMBC 6 8 4 : l'atome 6 corrèle avec l'hydrogène 8 à travers 4 liaisons.
Ce n'est possible que si une commande ELIM est présente.
HMBC 6 8 2 3 : l'atome 6 corrèle avec l'hydrogène 8 à
travers 2 ou 3 liaisons.
Cette corrélation ne sera jamais éliminée, même si une commande
ELIM est présente.
LIST Ln S : définit une liste d'atomes.
LIST L1 4 6 14 : La liste L1 contient les atomes 4, 6 et 14.
PROP B I Ln H : environnement des atomes
PROP L1 0 L2 : chaque atome de L1 a tous ses voisins dans L2.
PROP 12 1 L3 : l'atome 12 a exactement 1 voisin dans L3.
PROP 12 1 L3 + : l'atome 12 a 1 voisin ou plus dans L3.
PROP 12 1 L3 - : l'atome 12 a 1 voisin ou moins dans L3.
PROP 12 0 L3 - : l'atome 12 a 0 voisin ou moins (c'est-à-dire exactement 0) dans L3.
SHIX I R: déplacement chimique des atomes non-hydrogène
MULT).
SHIX 1 210.5: Le déplacement chimique de l'atome 1 est 210.5 ppm.
SHIH I R: déplacement chimique des atomes d'hydrogène
HSQC ou HMQC).
SHIH 15 5.4: Le déplacement chimique de l'hydrogène 15 est 5.4 ppm.
EXIT : fin du jeu de données. (facultatif)
Les commandes décrites dans cette section permettent
de définir des listes
d'atomes utilisées par la commande PROP.
Elle sont interprétées dans l'ordre où
elles apparaissent dans le fichier de données.
Elles sont listées ci-dessous en fonction de leur nombre d'arguments :
CARB : les atomes de carbone.
HETE : les atomes qui ne sont pas des carbones (et pas des hydrogènes).
SP3 : les atomes qui n'ont que des liaisons simples
(SP3^, avec un espace final).
SP2 : les atomes avec exactement une double liaison
(SP2^).
SP : les atomes avec une triple liaison ou deux doubles liaisons
(SP^^).
FULL : la liste de tous les atomes.
QUAT : les carbones liés à 0 atome d'hydrogène.
CH : les carbones liés à 1 atome d'hydrogène
(CH^^).
CH2 : les carbones liés à 2 atomes d'hydrogène
(CH2^).
CH3 : les carbones liés à 3 atomes d'hydrogène
(CH3^).
CHAR : les atomes chargés.
CPOS : les atomes portant une charge positive.
CNEG : les atomes portant une charge négative.
CARB L5.
L5 est la liste de tous les carbones de la molécule.
ELEM L2 N. L2 est la liste de tous les atomes de type N.
P1, de type Ln, est la référence
de la liste qui est créée.
P2, de type I est un entier qui sert de valeur de comparaison.
GREQ : les atomes dont le numéro est supérieur
ou égal à P2.
LEEQ : les atomes dont le numéro est inférieur
ou égal à P2.
GRTH : les atomes dont le numéro est strictement
supérieur à P2.
LETH : les atomes dont le numéro est strictement
inférieur à P2.
GREQ L1 10.
L1 est la liste de tous les atomes dont le numéro
est supérieur ou égal à 10.
UNIO : P3 est l'union de P1 et P2.
INTE : P3 est l'intersection de P1 et P2.
DIFF : P3 contient les numéros des atomes de P1 qui ne sont
pas dans P2.
UNIO L1 10 L2. L2 contient les atomes de L1 et l'atome 10.
ENTR I : imprime l'état du problème avant sa
résolution.
HIST I : imprime le détail des
étapes de la résolution.
DISP I : format de sortie
VERB I : verbosité
PART I : production des solutions incomplètes
STEP I : exécution pas-à-pas.
VERB 2 avec STEP 1.
A chaque pas l'utilisateur peut indiquer une action à effectuer
(continuer, finir, abandonner)
WORK I : recherche des solutions.
MLEV I : arrêt de l'analyse à l'étape P1.
DUPL I : élimination des solutions dupliquées.
SUBS T : validation de sous-structure.
ELIM I I : élimination de corrélations HMBC et/ou COSY invalides.
ELIM 3 5. Il est possible d'éliminer
jusqu'à 3 corrélations HMBC et/ou COSY.
Chacune des corrélations HMBC éliminées doit
correspondre à un couplage
4J (limite inférieure, nécessairement)
ou 5J (limite supérieure imposée).
Dans le cas d'une corrélation COSY, il doit s'agir d'un couplage
5J (limite inférieure, nécessairement)
ou 6J (limite supérieure imposée).
FILT I : mode filtrage par sous-structure.
VALE, MULT,
BOND
et celles qui concernent la définition des sous-structures
pour rechercher si la structure présente dans les données
contient la sous-structure indiquée.
Dans ce contexte, la commande "lsd < file > &>/dev/null" constitue
un appel typique de LSD.
La valeur retournée par LSD est :
CNTD I : élimination des solutions non connexes
(en plusieurs morceaux)
MAXS I : limitation du nombre de structures produites
MAXT I : limitation du temps de résolution
CCLA I : Contrôle l'usage des classes d'atomes de C équivalents
COUF C : définit le nom du fichier de comptage des solutions
STOF C : définit le nom du fichier d'arrêt de lsd
BRUL I: test pour les structures anti-Bredt
Des solutions trouvées par LSD à l'issue de l'analyse des
corrélations et de l'appariement des atomes encore incomplets
peuvent n'être sélectionnées que si elles satisfont
à une contrainte de sous-structure.
Une contrainte de sous-structure est fournie par des définitions
de sous-structure et une recette pour combiner les résultats
de leur recherche dans la structure.
Une sous-structure est soit native (définie dans le fichier
du problème, comme c'est la cas avant la version 3.2.0)
soit définie de manière externe.
Le fichier Data/pinene contient un exemple de codage d'une contrainte
de sous-structure.
Une sous-structure est un ensemble de sous-atomes (commande SSTR)
connectés par des sous-liaisons (commande LINK)
et éventuellement pré-attribués (commande ASGN).
SSTR Sn A V V : statut des sous-atomes.
1 (sp), 2 (sp2) ou 3 (sp3)
ou (2 3) (l'un des deux) ou (1 2 3) (l'un des trois).
SSTR S1 C (2 3) (0 1 2).
L'atome 1 de la sous-structure est un carbone, soit sp2
soit sp3, avec soit 0, soit 1, soit 2 atomes d'hydrogène
liés à lui. LINK Sn Sn : sous-liaisons.
LINK S1 S2. Les sous-atomes 1 et 2 sont liés. ASGN Sn I : attribution d'un sous-atome.
ASGN S3 5. Le sous-atome 3 est identifié comme
étant l'atome 5.
Une sous-structure externe est identifiée par un numéro de fragment et le nom (chemin) du fichier qui contient sa définition. Cette dernière est codée exactement comme l'est une sous-structure native.
DEFF Fn C : definit un fragment externe à partir d'un nom
de fichier.
DEFF F3 "Filters/ring3".
Le fragment F3 est un cycle de trois atomes quelconques.
SKEL Fn C : définit un fragment externe à partir d'un nom
de squelette.
SKEL F4 "PINANE".
Le fragment F4 est le squelette du pinane. PATH C : définit les dossiers où sont stockés les squelettes.
PATH "Filters/TERPENES/MONOTERP".
Ajoute Filters/TERPENES/MONOTERP à la liste des endroits où les squelettes
seront recherchés.
Les résultats des recherches de sous-structure dans la structure courante sont combinés pour déterminer sa validité :
FEXP C : expression logique entre fragments.
NOT, AND
et OR listés ici par ordre de précédence
décroissant.
FEXP "NOT F1 AND F2".
Est équivalent à FEXP "(NOT F1) AND F2".FEXP "F1 AND F2 OR F3".
Est équivalent à FEXP "(F1 AND F2) OR F3".FEXP "`LABDANE` OR `CLERODANE`.
Les commandes DEFF, SKEL,
PATH et FEXP implantent
dans LSD la fonctionnalité du filtrage des solutions.
S'il n'y a pas de commande FEXP dans le fichier,
la sous-structure native est seule prise en compte, si elle existe.
Si la commande FEXP est présente, la sous-structure native
est accessible via F0 comme si une commande
DEFF F0 "..." existait.
Si aucune sous-structure native n'est définie, F0
est la sous-structure vide, celle qui est toujours présente
dans une structure.
Si le paramètre de SUBS vaut 0,
aucune recherche de sous-structure n'est effectuée.
S'il vaut -1, le résultat final de l'évaluation de
l'expression logique fournie par la commande FEXP est inversé.
La commande SKEL associe un numéro de fragment
(comme DEFF)
avec un nom de squelette, comme PINANE, qui fait référence à une sous-structure
compatible avec la molécule de pinène, comme bien d'autres molécules.
LSD recherche dans une base de squelettes fournie par l'utilisateur un fichier
qui décrit le squelette.
En cas de succès, le numéro de fragment est alors associé avec ce fichier.
L'emplacement par défaut de la base de squelettes est le dossier Filters qui est fourni avec LSD.
Une première commande PATH
remplace l'emplacement par défaut par celui indiqué.
Les commandes PATH suivantes définissent d'autres emplacements possibles où
des définitions de squelettes sont recherchées.
Chaque fois qu'une commande SKEL est analysée tous
les dossiers indiqués sont explorés ainsi que tous leurs sous-dossiers inclus.
Chaque fois qu'un fichier nommé toc (Table of Contents) est trouvé
au cours de cette exploration, son contenu est analysé.
Si le nom du squelette recherché est trouvé à la ligne n d'un fichier toc,
alors un fichier nommé filen doit exister dans le même dossier et doit être
le fichier de description de sous-structure qui correspond au squelette recherché.
La commande PATH n'a pas d'influence sur le
comportement de la commande DEFF.
Un fichier toc ne doit contenir qu'un nom de squelette par ligne et un nom ne doit
contenir ni blanc ou tabulation.
Un convertisseur nommé mol2ab
est disponible pour traduire des fichiers MDL .mol en fichiers de description de sous-structure.
LSD est fourni avec une collection non-exhaustive de squelettes de substances naturelles. L'ensemble de ces squelettes est présent sous forme de fichiers MDL .mol dans le dossier MOL. L'utilisateur est libre de les utiliser pour créer des fichiers de sous-structure à sa convenance à l'aide de mol2ab. Le résultat de la conversion de tous les fichiers présents dans le dossier MOL est rangé dans le dossier Filters/TERPENES.
Le programme mol2ab convertit des structures au format .mol en sous-structures pour LSD.
L'utilisateur peut convertir les fichiers .mol distribués avec LSD ou ses propres
fichiers édités à l'aide d'un logiciel usuel de dessin de structures.
Les règles suivantes s'appliquent durant la conversion :
Usage:
prompt$ mol2ab Dossier fichier-pilote
Chaque ligne du fichier-pilote doit contenir deux champs :
Exemple: La fabrication de Filters/MONOTERP.
Les commandes qui suivent sont écrites pour un système de type UNIX.
Le dossier courant de l'interpréteur de commandes est initialement celui de LSD.
Sous windows il suffit de remplacer les / par des \.
prompt$ cd MOL prompt$ cd Monoterp_mol prompt$ mkdir MONOTERP prompt$ ../../mol2ab MONOTERP ../monoterp_mol.txt
Pour utiliser outlsd, il ne faut pas que le fichier de données contienne
la commande DISP 0.
Le programme outlsd lit sur l'entrée standard et écrit
sur la sortie standard.
Il prend comme argument un entier entre 1 et 10.
prompt$
outlsd 7 < pinene.sol > pinene.sdf
Selon la valeur de l'argument n, le résultat produit par outlsd contient
Les options 2, 3 et 4 ne sont plus disponibles à partir de la version 3.4.1.
L'option 6 de outlsd produit un texte qui commence avec DRAW sur la ligne 1, et dans un format utilisé par le programme genpos. Genpos lit sur l'entrée standard et écrit sur la sortie standard des instructions en langage Postscript.
prompt$ genpos < pinene.coo > pinene.ps
Le fichier résultant (pinene.ps) peut être ouvert par des visionneuses Postscript pour être analysé et imprimé.
Copyright(C)2000 CNRS-UMR 7312-Jean-Marc Nuzillard